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Il est né le 10 septembre 1828 au lieudit le Cénetrou à La Pesse dans le Haut-Jura. 

Le 11 Juillet 1852 il frappa au portail du séminaire des Missions Étrangères, rue du Bac à Paris. Il reçut lordination le 11 Juin 1854.

Partagé entre ses études et la prière, il réalisa alors ses rêves denfance : partir loin. Le 25 Août 1854, moins de deux mois après son ordination, Eugène-Emmanuel fut envoyé à Hong-Kong. Il avait alors 27 ans. Il s'embarqua sur le Sibylle avec les Pères Furet et Girard. 

Le 6 Mai 1855, ils arrivèrent à Naha, aux iles RIOU-KIOU, archipel japonais dont l'ile principale est Okinawa. Le père Mermet-Cachon sadonna donc à l'étude de la langue japonaise durant deux ans. 

Grâce à ses connaissances de la langue, il fut utilisé pour une mission du Baron GROS, chargé de nouer officiellement des relations entre la France et le Japon. Malgré dimportantes difficultés, les efforts du Baron Gros, envoyé de Napoléon III, aboutissaient. Le premier traité damitié et de commerce Franco-Japonais a été signé le 9 Octobre 1858.

En 1859, le Père Mermet-Cachon se rend à Hakodaté, principale ville de l'ile dHokkaïdo. Il nota alors dans son journal qu'il se trouvait au milieu des neiges et des ours, luttant contre le froid et les autorités. Ses nombreux courriers relatent nombre de détails de sa vie rustique et riche en découvertes. 

Vers Avril 1860 il ouvre son école de français et un important projet d'hôpital et d'école n'aboutit pas, faute de moyens trop limités.

Déçu et humilié, le Père Mermet-Cachon diminué par la maladie quitta Hakodaté au cours de l'année 1863. De retour à Paris en 1864, il quitte les Missions Étrangères pour entreprendre des travaux d'érudition. Il publie son ouvrage  : "Les Aïnous, langue, mœurs, religion".

Il prépare la publication du premier dictionnaire français-anglais-japonais.

En 1867, il servit d'interprète entre Napoléon III et Yoshitaké lors de lExposition Universelle à Paris.

Il restera ensuite en France. Puis il quittera Paris pour le sud de la France. Il se serait alors marié et il décéda à Cannes (Villa Marie) le 14 Mars 1889.